Þessi skerðing varð til þess að á árunum 2000-2005 myndaðist mikill uppsafnaður rekstrarhalli við háskólann, eða rúmar 330 milljónir króna. Á árunum 2005 og 2006 hófst markviss hagræðing í rekstri háskólans og á árinu 2006 var rekstrarhallinn um 15 milljónir króna, eða um 1% af tekjum háskólans. Á undanförnum tveimur árum, 2007 og 2008, hefur háskólinn verið rekinn innan fjárlaga þ.e. með rekstrarafgangi. Á árinu 2008 greiddi háskólinn einnig niður rúmar 200 milljónir króna af uppsöfnuðum rekstrarhalla fyrri ára. Þrátt fyrir að háskólanum sé gert, eins og öðrum ríkisstofnunum, að draga enn frekar úr rekstrarútgjöldum á þessu ári, bendir ekkert til annars en að háskólinn muni standa við gerðar rekstraráætlanir og skila rekstrarafgangi í lok ársins.