Flogið var til 4 áfangastaða innanlands frá Reykjavík, til Akureyrar, Egilsstaða, Ísafjarðar og til Vestmannaeyja. Millilandaáfangastaðir félagsins voru árið 2009 fimm á Grænlandi, þ.e. Kulusuk, Constable Pynt, Narsarsuaq, Nuuk og Ilulissat sem var í fyrsta skiptið boðið uppá, jafnframt var líkt og áður boðið uppá flug til Færeyja. Eini áfangastaðurinn í innanlandsflugi þar sem farþegum fjölgaði var á leiðinni milli Reykjavíkur og Vestmannaeyja eða um 16% og flugu um 33 þúsund farþegar á þeirri flugleið með félaginu árið 2009, frá því að Flugfélag Íslands hóf aftur flug á þessari flugleið haustið 2006 hefur farþegum fjölgað um 50% sem er mjög góður árangur. Á leiðinni milli Reykjavíkur og Ísafjarðar fækkaði farþegum um 12% og voru um 43.000 og á leiðinni milli Reykjavíkur og Egilsstaða fækkaði farþegum um 16% og voru um 95.000. Í samræmi við minnkandi eftirspurn dró félagið úr framboði og var sætanýting félagsins um 2% betri árið 2009 miðað við fyrra ár, fór úr 67% í 69% að meðaltali fyrir allt áætlunarflug félagsins. Þetta kemur fram á vef Flugfélagsins.