Sama ár var hann vígður prestur og tók við Hálsprestakalli þar sem hann þjónaði til ársins 1982. Hann var prestur í Möðruvallaprestakalli 1982-1989, í Glerárprestakalli 1989-1991 og í Laufásprestakalli frá 1991. Pétur var prófastur í Þingeyjaprófastsdæmi 1999-2006. Þann 15. júní 1971 kvæntist Pétur eftirlifandi eiginkonu sinni Ingibjörgu Svövu Siglaugsdóttur. Þau eignuðust þrjú börn, Þórarin Inga, Jón Helga og Heiðu Björk. Útför sr. Péturs verður gerð frá Akureyrarkirkju föstudaginn 9. mars kl. 13.30.