Í upphaflegri áætlun var gert ráð fyrir að heildarkostnaður við Héðinsfjarðargöng yrðu 7,6 milljarðar króna en áætlunin var gerð í janúar 2006. Uppreiknað með meðalverðlagi ársins 2010 líkt og gert var í skriflegu svari innanríkisráðuneytisins við fyrirspurn á Alþingi um kostnað við Héðinsfjarðargöng og tvöföldun Reykjanesbrautar reiknast upphafleg áætlun vera 12,1 milljarður króna.
Heildarkostnaður við byggingu Héðinsfjarðarganga nam 12 milljörðum króna á verðlagi hvers tíma en uppreiknað með meðalverðlagi 2010 reiknast sá kostnaður 14,2 milljarðar króna. Aukinn kostnaður við gerð Héðinsfjarðarganga, þ.e.a.s. 2,1 milljarður króna miðað við upphaflegu áætlunina, skrifast fyrst og fremst á að vatnsagi í göngunum, sérstaklega Ólafsfjarðarleggnum, reyndist miklu mun meiri en reiknað var með. Einnig varð nokkur kostnaður af efnahagshruninu 2008, segir ennfremur á vef Vegagerðarinnar.